Die Hauptaufgabe des BNiD besteht in der Umsetzung von Natura 2000.
Das heisst in der Erstellung von Managementplänen für 14 der im Kreis gelegenen FFH- bzw. Vogelschutzgebiete. Zusammen mit allen Interessensvertretern vor Ort und auf Grundlage der spezifischen Erhaltungsziele sollen die Gebiete gesichert und nachhaltig entwickelt werden.